いいえ、別の基準です。50人の判定は、継続して雇用し常態として使用しているかで見るので、週1回のパートも1人に数えます。
「4分の3」が出てくるのは、受検の対象者を決める場面です
50人の判定でも、週の労働時間が通常の労働者の4分の3に満たないパートは数えない、と思われることがありますが、そうではありません。ストレスチェックには人数の数え方が2つあり、目的も物差しも別々です。
1つ目は、誰に受けてもらうかを決める数え方です。期間の定めのない労働契約で使用されていることに加えて、1週間の労働時間が、その事業場の通常の労働者の4分の3以上であることを見ます（小規模事業場マニュアル p.6）。4分の3はこちらの話です。
2つ目は、事業場の労働者が常時50人以上かどうかを判定する数え方で、4分の3は使いません。
50人の判定は、「常態として使用されているか」で見ます
小規模事業場マニュアル p.6 は、この判定について、「ストレスチェックの対象者のように契約期間や週の労働時間によるのではなく」、常態として使用されているかどうかで判断する、としています。物差しは労働時間の長さではなく、使用の実態です。
ですから、週1回しか勤務しないパートでも、継続して雇用し常態として使用していれば1人です。受検の対象にならない人が、50人の数には入ることがあります。2つの数が一致しないのは、制度の作りとして当然のことです。
この「50人」の数は、何の分かれ目になるのか
小規模事業場マニュアル p.6 では、この数え方は、労働基準監督署への報告が要るかどうかの基準として書かれています。報告は、常時50人以上の労働者を使用する事業者が対象です（労働安全衛生規則 第52条の21）。
2028年4月1日以降は、ストレスチェックの実施の義務が事業場の規模に関係なくなります。そのため、50人の数は主に、報告が要るかどうかの分かれ目になると考えられます。
50人に近い事業場では、受検の対象者の数と、50人の判定の数を、別々に控えておくと混ざりません。